一、中国大陆细菌耐药性监测研究（论文文献综述）
吴宪[1]（2021）在《我国食品沙门氏菌污染率与引起的发病率统计分析》文中研究说明沙门氏菌作为食源性疾病病原体中最为危险、发病占比最高的一类致病菌,每年会造成大量食物中毒事件,这些事件在各自流行病学特征的基础上存在一些共性或规律,但是国内外针对其跨时间或跨地域的相关统计学研究较少。为打破小样本数据带来的统计局限性,了解我国大陆范围内食品中沙门氏菌污染状况,掌握食源性沙门氏菌的患病规律,本文开展了以下研究:基于贝叶斯估计方法,利用文献挖掘（Literature mining）所得的数据,建立层次贝叶斯模型（Hierarchical Bayesian model）,对我国市售食品中沙门氏菌污染率进行可靠统计。结果表明,我国大陆地区市售食品的沙门氏菌平均污染率,2004-2018年为5.91%,在2.02%-8.29%范围内波动;市售食品中污染率最高的是肉与肉制品,污染率为8.45%;黑龙江省、上海市和四川省是食品沙门氏菌污染严重地区,食品污染率分别为12.05%、11.53%和10.68%;肠道沙门氏菌亚群Ⅰ,和既可感染人又可感染动物的沙门氏菌种群是主要的病原菌类型;肠炎沙门氏菌（Salmonella enteritidis）、德尔卑沙门氏菌（Salmonella derby）和鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella typhimurium）是主要的食品污染菌种类型,食品污染率分别为22.10%、15.23%和12.54%。基于层次贝叶斯模型,利用发病率推算公式,估算我国2004-2018年沙门氏菌发病率和各省的沙门氏菌发病率,并利用灰色预测模型预测发病率趋势。结果表明,沙门氏菌引起的食物中毒多发于春夏季节,冬季发病较少;食物中毒常发生在餐饮单位和农村宴席;肉与肉制品为主要的食物类型;我国2004-2018年的腹泻患者平均就诊率估计值为37.05%,腹泻患者肛拭标本中沙门氏菌检出率估计值为13.96%,沙门氏菌感染腹泻发生率估计值为86.87%。用新陈代谢GM（1,1）模型对2019年和2020年的沙门氏菌年发病率进行预测,预测结果分别为18284.75/10万和18431.93/10万。利用相关系数和回归分析研究了沙门氏菌污染率与导致发病率的关系。结果表明,食品沙门氏菌污染率与发病率有线性关系。利用省份数据建立的回归方程为y=76965.83x+2778.96;利用年份数据建立的回归方程为y=10120.61x+17150.41。综上,论文研究建立的层次贝叶斯模型,可对我国市售食品中沙门氏菌污染率进行可靠统计,预测引起的发病趋势,确定污染率与发病率有线性关系。研究工作可拓展到其他食源致病菌污染率及发病率研究;也可作为卫生和市场监管部门制定食品安全管理策略及有效监管技术手段。
杜佳欣[2]（2021）在《黄金海岸沙门菌基因组流行病学研究》文中提出沙门菌（Salmonella）是一种重要的人兽共患病病原,也是一种全球常见的食源性致病菌。据统计中国每年有超过3000万例食源性感染病例,其中约75%的食源性疾病都是由沙门菌引起。引起人类感染的沙门菌分为仅局限于人类的伤寒沙门菌（Typhoidal Salmonella）和具有较广泛宿主范围的非伤寒沙门菌（Non-typhoidal Salmonella,NTS）,而非伤寒沙门菌是全球腹泻性疾病的四大病因之一,其大多数病例是自限性,症状比较轻微,仅特定血清型或基因型的分离株会危及生命。非伤寒沙门菌（NTS）大约有2600种血清型,其中黄金海岸沙门菌（Salmonella enterica serovar Goldcoast,SG）是近年来被发现的一种新的血清型,其抗原结构式为6,8:r:1,w,属于O:8（C2-C3）血清群。在过去二十年内,SG在我国台湾地区、欧洲各国、以及美国地区的分离率均位居前列,且有逐年增长的趋势,但在我国大陆地区还缺乏相关的监测数据。据2009年匈牙利报道:氯霉素、庆大霉素、环丙沙星等十二种抗生素对SG菌株有一定抑制作用,说明早期抗生素是能有效杀灭或抑制SC引起的感染。但是,中国大陆地区SG菌株的相关抗生素敏感情况尚不明确。近年来,由于过度依赖抗生素治疗以及不合理的用药方式使得细菌耐药性问题尤其突出。意大利、西班牙、中国台湾等地已相继报道监测到多重耐药的SG。面对持续扩张且出现多重耐药趋势的SG菌株,探究SG菌株的群体遗传关系及相关耐药性形成规律至关重要,但目前尚未有相关报道对此进行系统性研究。除此,SG菌株形成生物被膜能力、发生运动迁移能力、对动物致死能力等相关生物学特性亦不明确。本研究旨在:（1）基于全球SG流行数据,深入探究中国地区SG在动物、食品、人群中的流行分布规律和耐药现状。（2）基于全基因组测序,分析统计全球SG的序列型（STs）、耐药基因（ARGs）、毒力因子（VFs）、质粒类型（Plasmid Type）,探究全球SG遗传多样性、进化起源以及生物学特性。（3）利用三代测序技术,结合比较基因组学,进一步探究SG菌株的基因组结构特征及耐药性形成规律。1.中国地区SG流行分布规律及耐药现状基于中国地方沙门菌监测系统（CLSSS）提供的2010-2019年间169株沙门菌分离株,根据Kauffmann and White分类方法确认所有菌株血清型均为黄金海岸沙门菌（SG）。运用Meta分析从公共数据（Gen Bank,Enterobase,Sequence Read Archive）提取133株已知SG菌株相关数据,其中65株源自中国。本研究结果显示:与2010-2014相比,2015-2019年间的沙门菌分离总数仅增加了0.6倍,而SG分离数增长了3.5倍,且主要集中于上海、广东、台湾等东南沿海地区。根据菌株原始样本宿主信息确定SG主要来源于人类、猪、水。根据CLSI2016执行标准对169株SG采用肉汤微量稀释法测定14种抗生素的最低抑菌浓度（MIC）。整体上,SG菌株在37℃有氧环境下对环丙沙星、氨苄西林、链霉素普遍耐药,而萘啶酸、阿奇霉素、亚胺培南等药物对其有一定抑制作用。异源菌株抗生素抗性分析显示:人源和环境源SG菌株最有效抑菌药为阿奇霉素和亚胺培南,头孢噻呋对动物源菌株有更好抑菌作用。随着抗生素的使用,2015-2019年间SG菌株多重耐药趋势进一步加强,大多数菌株已表现对9种药物均不敏感的耐药表型,主要为对氨苄西林、链霉素、四环素多重耐药的耐药谱系。2.SG菌群遗传多样性、进化关系和生物学特性试剂盒提取169株SG的基因组并进行质控,合格样本分别在华大基因（Illumina Hi Seq xten,n=146）及诺禾致源（Illumina Nova Seq 6000,n=23）全基因组测序。另下载公开数据库133个SG菌株测序数据。302 Raw data经galaxy平台质控组装后,用SISTR和Seq Sero2两方法对菌株血清进行预测分析为SG,根据七对管家基因确定菌株序列型,再分别使用Res Finder vs 3.1、VFDB、CGE Plasmid Finder vs 2.0对菌株耐药基因（ARGs）、编码毒力因子（VFs）和质粒类型（Plasmid Type）扫描基因注释。基于核心基因组进行群体遗传学分析,以NCTC13175为参考菌株,SAL＿GA9399AA为外类群,构建菌株最大似然系统发生树并进行时空关联性分析。结果显示:SG菌株群体整体分为两个分支,根据宿主地域信息可进一步可细分为4个谱系,欧洲或为各谱系流传起点。SG菌群的主要基因型为ST358和ST2529,各谱系间具有差异明显的耐药基因、毒力因子和质粒类型。此外,进一步筛选出各谱系中代表SG菌株进行相关生物学功能探究。结果显示:各谱系SG均有形成生物被膜、发生运动迁移、致死斑马鱼等能力。具体而言,大多数菌株（27/29,93%）在37℃环境下菌株形成生物被膜能力高于28℃;无氧环境下的运动能力强于有氧环境;微量105CFU/ml的SG即可对斑马鱼造成极强的致死所用。3.中国大陆猪源SG菌株基因组结构特征及耐药性形成规律。通过Pac Bio三代测序技术对中国大陆猪源SG菌株Sal02792进行了完整基因组的比较分析以及接合转移试验。结果显示:SG菌株Sal02792染色体大小为4,677,190 bp,GC含量为52.23%,与SG菌株NCTC13175、SSDFZ69的相似性极高,与Sal5364具有一定的差异性。此外,Sal02792菌株有一个大小为237,330bp,GC含量为46.96%的Inc HI2/Inc HI2A类型质粒,质粒上定位到包括oqx A、oqx B、qnr S1、bla TEM-1B等在内的13个抗性基因。接合转移试验验证了Sal02792菌株中多数抗性基因可随质粒转移至受体菌中,p Sal02792为转移性质粒。本研究证实:SG菌株MDR表型的获得通常与转移性质粒有关,转移性质粒被认为是SG对抗菌药物产生多重耐药性的主要原因之一。综上所述:2015-2019年期间,中国沿海地区的SG数量显着增加,多重耐药情况日益加剧,亚胺培南为目前针对性的最有效抑菌药物。生物学试验显示SG菌株具有在96孔板上形成生物被膜的能力、在半固体LB培养基上发生群集运动的能力以及对斑马鱼胚胎极强的致死能力。基于全基因组测序的遗传进化分析,本研究首次将SG群体定义为4个谱系,在动物（L-I）和人类（L-II、L-III和L-IV）中循环的SG分离株有独立的进化史,但欧洲是各区域流行起源地,各谱系间SG菌株序列类型、耐药基因、毒力因子以及质粒类型明显不同。基于对中国大陆猪源SG菌株Pac Bio三代测序及比较基因组学分析,本研究证实Sal02792染色体大小为4,677,190 bp且具有一个携带13个抗性基因的Inc HI2/Inc HI2A类型质粒,该质粒被认为是SG对抗菌药物产生多重耐药性的主要原因之一。
李迈[3]（2021）在《儿童下呼吸道感染细菌病原学及临床特点分析》文中提出目的:探讨河北医科大学第二医院下呼吸道感染住院患儿的细菌病原学构成比、不同性别、不同病程、不同季节及不同年龄组的病原体分布、抗菌药物的使用对病原学检出率的影响及不同细菌耐药性、敏感性的特点。方法:回顾性收集并分析2018-12至2019-12于我院住院治疗的1月至14岁的下呼吸道感染且下呼吸道分泌物细菌病原学为阳性的患儿临床资料,共214例。采用SPSS.25版软件,分析细菌阳性病原学构成比、不同性别、不同病程、不同季节、不同年龄组的病原体分布、抗菌药物的使用对细菌病原学检出率的影响及不同细菌耐药性、敏感性的特点。结果:1.1727例确诊的下呼吸道感染患儿中,细菌病原学检出阳性患儿共214例,阳性率12.3%,共检出菌株229例。检出菌株中流感嗜血杆菌（28.8%）所占比例最高,其次为金黄色葡萄球菌（17.9%）、肺炎链球菌（12.7%）、肺炎克雷伯菌（10.5%）。2.在性别分组的细菌病原学阳性结果中,男性患儿的细菌检出构成比（61.2%）明显高于女性患儿的细菌检出构成比（38.8%）。但在性别分组中各细菌检出构成比差异均无统计学意义（P>0.05）。3.在病程分组的细菌病原学阳性结果中,病程<15天的患儿细菌检出构成比（61.2%）高于病程>15天的患儿细菌检出构成比（38.8%）。4.在季节性细菌病原学阳性结果中,四季细菌总检出率秋季最高,夏季最低,差异有统计学意义（P<0.05）。各个季节均以流感嗜血杆菌最为常见,且仅卡他莫拉菌的检出率差异有统计学意义（P<0.05）,卡他莫拉菌在秋季、冬季检出率较高,春季最低。5.在各个年龄组细菌病原学阳性结果中,构成比最高的为1月-1岁组。且流感嗜血杆菌在1月-1岁组、3岁-6岁组、6岁-14岁组患儿中均为首位感染菌种,1岁-3岁组则以肺炎链球菌为主。6.入院前使用过抗生素的患儿细菌检出构成比（76.6%）高于院前未使用过抗生素的患儿细菌检出构成比（23.4%）,但各细菌检出构成比差异均无统计学意义（P>0.05）。7.⑴革兰阴性菌耐药性:肺炎克雷伯菌对氨苄西林（95.8%）、呋喃妥因（58.3%）、哌拉西林（54.2%）、氨苄西林/舒巴坦（37.5%）、头孢呋辛酯（33.3%）、头孢曲松（20.8%）、头孢哌酮/舒巴坦（12.5%）、哌拉西林/他唑巴坦（12.5%）、美罗培南（12.5%）、亚胺培南（12.5%）耐药率较高,大肠埃希菌对氨苄西林（78.9%）、氨苄西林/舒巴坦（63.2%）、哌拉西林（52.6%）、复方新诺明（47.4%）、头孢曲松（36.8%）、头孢呋辛（36.8%）、哌拉西林/他唑巴坦（5.3%）耐药,铜绿假单胞菌对氨苄西林（100.0%）、氨苄西林/舒巴坦（75.0%）、复方新诺明（75.0%）、呋喃妥因（75.0%）、氨曲南（75.0%）、头孢类（如头孢替坦、头孢曲松、头孢唑林）（约75.0%）、亚胺培南（25.0%）耐药,鲍曼不动杆菌对氨苄西林（100.0%）、呋喃妥因（100.0%）、氨曲南（100.0%）、头孢类（75.0%-100.0%）耐药,流感嗜血杆菌对氨苄西林（93.9%）、复方新诺明（87.9%）、头孢呋辛钠（83.3%）、阿莫西林/克拉维酸（45.5%）、美罗培南（3.0%）耐药,而卡他莫拉菌则对阿奇霉素（60.0%）、红霉素（50.0%）耐药。⑵革兰阴性菌敏感性:肺炎克雷伯菌对阿米卡星（95.8%）、左氧氟沙星（97.5%）、环丙沙星（87.5%）、美罗培南（83.3%）、舒巴坦亚胺培南（83.3%）、哌拉西林/他唑巴坦钠（83.3%）、头孢替坦（83.3%）、头孢哌酮/舒巴坦（75.0%）、头孢他啶（75.0%）、头孢曲松（75.0%）较敏感,大肠埃希菌对美罗培南（94.7%）、阿米卡星（94.7%）、哌拉西林/他唑巴坦钠（89.5%）、头孢替坦（89.5%）、头孢哌酮/舒巴坦（78.9%）、头孢曲松（57.9%）较敏感,铜绿假单胞菌对美罗培南（100.0%）、阿米卡星（100.0%）、哌拉西林/他唑巴坦钠（100.0%）、头孢哌酮/舒巴坦（100.0%）、头孢他啶（100.0%）、亚胺培南（75.0%）较敏感,鲍曼不动杆菌对亚胺培南（100.0%）、头孢哌酮/（100.0%）、环丙沙星（100.0%）、头孢吡肟（100.0%）、左氧氟沙星（100.0%）、头孢他啶（100.0%）、复方新诺明（100.0%）较敏感,流感嗜血杆菌对美罗培南（86.4%）、亚胺培南（59.1%）、阿奇霉素（48.5%）、头孢吡肟（33.3%）较敏感,而卡他莫拉菌则对阿莫西林/克拉维酸（80.0%）、环丙沙星（60.0%）较敏感。⑶革兰阳性菌耐药性:金黄色葡萄球菌对红霉素（80.5%）、克林霉素（75.6%）、苯唑西林（61.0%）、头孢西丁（61.0%）、利奈唑胺（2.4%）、万古霉素（2.4%）耐药,而肺炎链球菌则对红霉素（96.6%）、四环素（93.1%）、复方新诺明（89.7%）、美罗培南（75.9%）耐药,对利奈唑胺及万古霉素耐药率均为0.0%。⑷革兰阳性菌敏感性:金黄色葡萄球菌对左氧氟沙星（97.6%）、利奈唑胺（97.6%）、万古霉素（97.6%）、呋喃妥因（97.6%）、利福平（95.1%）、复方新诺明（90.2%）较敏感,而肺炎链球菌对左氧氟沙星（100.0%）、利奈唑胺（100.0%）、万古霉素（100.0%）、氯霉素（89.7%）、阿莫西林（58.6%）、头孢曲松（58.6%）较敏感。结论:1.流感嗜血杆菌是引起儿童下呼吸道感染的最常见细菌病原,其次为金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、肺炎克雷伯菌。2.细菌病原检出率中,四季细菌总检出率秋季最高,夏季最低。各个季节均以流感嗜血杆菌最为常见。卡他莫拉菌在秋季、冬季检出率较高,春季最低。3.在各个年龄组细菌病原学阳性结果中,构成比最高的为1月-1岁组。且流感嗜血杆菌在1月-1岁组、3岁-6岁组、6岁-14岁组患儿中均为首位感染菌种,1岁-3岁组则以肺炎链球菌为主。4.大多数革兰阴性菌对青霉素类如氨苄西林、哌拉西林及一、二代头孢类抗生素耐药率均较高,对三、四代头孢类、β-内酰胺酶抑制剂组成的复合制剂、碳青霉烯类保持着较高的敏感率,且随着三类抗生素级别的渐升,其敏感率呈现增高趋势,但随着抗生素暴露频率的增高,碳青霉烯类耐药菌株并不罕见;革兰阳性菌耐药情况亦很普遍,已出现金黄色葡萄球菌耐万古霉素、利奈唑胺菌株。因此,如何在临床工作中合理使用抗生素,减少耐药菌株的产生已成为我们亟待解决的问题。
潘航[4]（2020）在《纽波特沙门菌基因组流行病学研究》文中提出肠道种沙门菌（Salmonellaenterica）是最主要的食源性致病菌之一,是导致全球健康和经济负担的重要病原。沙门菌包括许多血清型,它们在感染不同宿主能力上差异显着,其定殖生态位/生境的能力也有所不同。沙门菌肠道种肠道亚种血清型纽波特（Salmonella enterica.subsp.entericaserovar Newport,以下简称S.Newport/纽波特沙门菌）,是美国人源感染沙门菌排名前三的血清型之一,通常牛被认为是其主要感染或携带宿主。近年美国S.Newport感染的发生率有所上升,在欧盟,S.Newport感染在过去几十年里保持稳定。一般来说,S.Newport是通过人类食用受污染的动物源性食物传播,例如,牛肉、猪肉、禽肉蛋和牛奶,或非动物来源,如蔬菜和其他新鲜农产品。但最近的疫情却更多地归因于其他来源,如新鲜农产品、海鲜、灌溉用水、土壤。此外,S.Newport也有在环境如肥料中长期生存的特殊能力,特别是其能定殖侵染植物。值得注意的是,S.Newport可以在食品加工过程中定殖、入侵植物组织。S.Newport的生境可以作为持久或称为再次人类感染的来源。很少有调查关注不同的传播途径,特别是耐药沙门菌随食品产业链传播到人类这个角度。而且目前S.Newport在中国的主要生态学、耐药情况和疾病负担状况在很大程度上是未知的。全基因组测序数据、多位点序列分型（MLST）等证实了S.Newport是一个多进化来源的血清型。基于MLST分析的384株不同来源S.Newport确定了 3个进化分支,其中人类分支ⅰ与非人类分支ⅱ（鸟类、家畜和爬行动物为主）的耐药谱不同且有较大生态位差异,很可能表现出宿主偏好性。然而,很少有研究关注食物链中S.Newport的传播,同时,针对全球S.Newport的基因组解析是本领域的瓶颈,S.Newport遗传多样性、耐药性获得机制、不同生境或宿主偏好性遗传基础,这一系列科学问题仍有待解决,特别其在我国人群中流行情况还未知。本研究旨在:（1）探究不同来源S.Newport耐药谱规律;（2）通过MLST揭示菌群的遗传多样性;（3）阐明中国人源S.Newport的基因组流行病学特征;（4）解析全球S.Newport遗传演化、耐药形成规律;（5）在全基因组层面探讨S.Newport宿主偏好性潜在机制。1.1996～2015年美国来源S.Newport耐药分群研究明确沙门菌在多种食品动物宿主间的传播途径及其抗生素谱是进行适当干预和精准治疗的关键。本研究中,我们分析了 1996年至2015年间从美国不同食品动物、零售肉类和疾病病人分离的3,728株S.Newport,包括其中附带27种抗生素的最小抑菌浓度（MIC）。用随机森林和层次聚类统计方法根据所有MIC值（MIC values,MICs）对分离株聚类分群。利用分类回归树（CART）方法分析确定适宜的抗生素及其在人、动物种群间的临界值。根据单个菌株的MICs两种方法都检测到两个独立的群体,其中动物群体的MICs明显较高,这与耐药性（AR）表型相关。只有9.7%（267/2763）人类分离株与动物源性菌株相关。此外,动物源分离株抗生素谱的多样性比人源分离株差异小（P<0.001）,提示有多种来源涉及人类感染。CART法将复方磺胺甲恶唑作为区分动物和人分离株的最佳分类标识。此外,还发现了牛或火鸡种群中占主导地位的两种典型AR谱,即MDR-Amp和Tet-SDR,这表明不同的肉用动物来源可能与人类感染有关。AR分析表明,经验治疗的合理性选择不是氟喹诺酮类药物（如环丙沙星）,而是广谱头孢菌素类药物（如头孢曲松、头孢西丁）。人源S.Newport沙门菌耐药菌株有多种来源,不同的食物-动物传播途径造成了相当大比例的异质性分离群体。2.S.Newport基因型解析菌群多样性S.Newport具有系统发育多样性特征,之前的研究表明,S.Newport通过多种动物传播途径感染人类,各途径中菌株具有不同的耐药性。然而,针对其遗传信息的研究仍缺乏。因此本研究关注S.Newport宿主、来源、基因型和耐药性之间的相互关系。使用全球1842株S.Newport的多位点序列分型（MLST）数据结合针对16种抗生素的最小抑菌浓度,囊括282株中国菌株,对相关性进行评估。我们的分析显示,序列型（ST）与不同的宿主源显着相关,包括家畜（ST45）、鸟类（ST5）、受污染的水和土壤（ST118）、爬行动物（ST46）和海产品（ST31）。重要的是,ST45含有（344/553）大部分多重耐药（MDR）菌株,这些菌株被认为是导致人类MDR细菌感染的原因。中国分离株在禽源（ST808组）和淡水动物源（ST2364组）中形成了两个独特的谱系。S.Newport的基因分型信息可以改善沙门菌的诊断,并指导更好地选择抗沙门菌感染的抗生素疗法。3.1991～2018年中国人源S.Newport基因组流行病学研究近年来,我国S.Newport感染呈逐渐上升趋势。在人类感染方面,S.Newport是全球造成持续感染的五大血清型之一。本研究分析290株S.Newport菌株及其相关临床元数据,包括菌株全基因组,其中62.4%（n=181）为腹泻的患者,28.9%（n=84）为无症状的个体（包括成年人和青少年）,8.6%（n=25）来自幼儿（28%,n=7）和婴儿（72%,n=18）的持续性腹泻病例。不同序列型（ST）和临床表现之间关系的差异显着（P=0.0432）,ST46引起腹泻或代表无症状患者,ST31或ST68引起持续性腹泻。基因组分析显示,无症状或没有腹泻患者分离株的比例最高（98.5%,n=279）,从中检测到相应氨基糖甙类和β-内酰胺类抗生素耐药性决定因子,需要强调在这类患者中应谨慎使用抗生素。研究结果提示非伤寒沙门菌感染并伴有S.Newport引起的急性腹泻或持续性腹泻症状的病例,应谨慎处理,因为多重耐药表型的几率很高,可能导致治疗失败。S.Newport ST31和ST46可能是导致婴儿和儿童腹泻/持续性腹泻病原菌耐药的原因,两种基因型多重耐药比例也最高,而成人更有可能是S.Newport携带者（无症状）。4.全球基因组解析菌株遗传演化、耐药机制及宿主偏好性全球1560 S.Newport菌株可分为C-Ⅰ～C-Ⅳ 4个分支,主要序列型为ST45（28.42%）,ST118（19.56%）,ST46（13.60%）,来源主要为人源（42.05%）,家养动物源（Livestock,21.03%）,冷血动物源（8.08%）。C-Ⅱ中家养动物为主的主要谱系ST45-WBM（warm-blooded mammal,温血哺乳动物）普遍携带IncA/C2质粒及大量耐药基因,同时ST166及ST31中也携带部分质粒及一定量耐药基因。S.Newport含以氨基糖苷类及四环素为首的9大类耐药基因,除了利福平类主要来自冷血动物（CBA）及人,其他类主要来源是WBM及禽类。BEAST时空分析提示S.Newport的分子钟速率相比其他血清型或种属呈中等偏高水平,其中C-Ⅰ分化时间最早但速率最低,C-Ⅱ速率最高,对C-Ⅱ主要谱系ST45-WBM的分析提示多重耐药IncA/C2质粒驱动家养动物源ST45菌株流行。对各主要ST中的代表性菌株进行挑选及表型试验,验证了三大谱系ST45-WBM、ST46-CBA、ST118&5-Human（人源）对小鼠模型的毒力差异及对斑马鱼及秀丽隐杆线虫的宿主偏好性,以及谱系间生物被膜形成及群集运动能力的差异性。泛基因组热图提示存在潜在的重组特性及协助谱系适应的基因,通过分析挖掘了三大谱系的协助其适应的特异性基因,主要与细菌营养物质代谢运输、遗传物质操作有关,毒力基因扫描结果提示毒力基因总数与耐药基因总数呈负相关,毒力岛、可移动元件扫描结果提示ST45-WBM谱系具有特异性的4个转座子及Ⅰ型整合子,ST118&5-Human谱系具有1个特异性毒力岛,重组事件检测结果提示S.Newport是近百年沙门菌中已知的重组发生区域最广、发生速度最快、每个菌株平均事件数最高的血清型,其中ST45-WBM谱系内网状进化现象突出,XerC3是ST45-WBM的特异性重组酶,可能是支持其遗传多样性、快速演进和广泛流行的重要因素。综上所述,本研究通过系统的大数据分析,明确了S.Newport的耐药表型概况、耐药分群、最佳分群抗生素、基因型、生态型分布及对人类主要的传播途径,解析了中国人源菌株的基因组流行病学特征,并从全球视角明确了S.Newport的种群结构、遗传演化、耐药遗传决定因子、宿主偏好性、以及不同进化分支谱系特异性的分子靶点,指出IncA/C2是家养动物源ST45菌株流行的主要驱动因素,且重组酶及营养代谢运输元件可能参与介导宿主适应,为进一步研究沙门菌生物学功能打下基础。
赵越[5]（2020）在《临床碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的传播机制及分子流行研究》文中研究说明目的:研究碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌（carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP）的临床特征、感染危险因素、碳青霉烯酶基因型分布情况、耐药机制及分子流行特征,为临床CRKP感染患者合理选药,同时对CRKP感染的预防与控制以及流行性预测提供相应的科学依据。方法:收集2017年1月～2019年12月临床所分离到的CRKP菌株70株,同一患者多次分离的CRKP菌株已剔除重复。采用VITEK MS全自动快速微生物质谱检测系统完成对菌株的鉴定,再采用VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定仪完成对菌株的药敏试验,对碳青霉烯类抗菌药物耐药的菌株,同时通过纸片琼脂扩散法复核相关药敏结果,分析CRKP菌株的临床特征。采用1:1病例对照研究方法,依据患者入住病区一致、同时期住院、所确定感染病原菌相同、患者年龄相近、性别相同的原则,收集由对碳青霉烯类抗菌药物敏感的肺炎克雷伯菌（carbapenem-susceptible Klebsiella pneumoniae,CSKP）所致患者感染的病例资料。回顾性查询CRKP组与CSKP组患者的病例资料及其相关数据,通过对两组患者的临床信息进行分析,预测患者CRKP感染的危险因素。采用改良碳青霉烯灭活试验（m CIM）及乙二胺四乙酸（EDTA）协同试验,分别对CRKP菌株产碳青霉烯酶及金属酶的情况进行初筛,并完成对菌株基因组DNA提取,采用聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）方法,检测菌株所携带碳青霉烯酶耐药基因情况,再将PCR扩增后产物通过测序分析,确定所测菌株的耐药基因。为明确CRKP菌株的耐药基因是质粒携带还是由染色体介导,将所测菌株分别进行质粒DNA提取实验,经PCR方法,将扩增后产物进行脉冲场琼脂糖电泳实验,并用紫外凝胶成像系统观察实验结果,确定CRKP耐药基因介导模式。采用肠杆菌科基因间重复共有序列（enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC）引物PCR扩增方法,对携带不同耐药基因型CRKP菌株进行同源性研究。采用凝胶图像分析软件,对ERIC-PCR产物的电泳结果进行条带识别分析,将数据整理后,运用生物群体聚类分析软件,得到Jaccard遗传相似性系数矩阵及遗传距离矩阵,相似度>0.75的确定为同一流行克隆群,反之为不同克隆群。根据上述流行克隆群分类情况,选取部分菌株进行多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）,通过PCR扩增待检菌株的7个管家基因,并将PCR产物进行测序后,将每个待检菌株的各管家基因序列上传到肺炎克雷伯菌的MLST数据库,得到相应的等位基因分型,进而检索出菌株的ST分型,以探究CRKP菌株分子流行特征。结果:分析临床所分离的70株CRKP菌株,其主要来源于呼吸道分泌物（38株,54.29%）,洁净中段尿（14株,20.00%）,全血（8株,11.43%）,科室分布主要集中于危重症监护室、儿科、新生儿科等病区,其对常用抗菌药物的耐药性维持较高水平,且明显高于CSKP（P值<0.05）。患者CRKP感染的多种危险因素中,应用过替加环素类、喹诺酮类抗菌药物、患者伴有呼吸系统疾病及住院期间留置引流管是CRKP产生的重要危险因素,且患者CRKP感染病死率要高于CSKP组（P值<0.05）。通过PCR方法分析所测CRKP菌株的耐药基因型,主要包括KPC型（30株,42.86%）、NDM型（22株,31.43%）、IMP型（10株,14.28%）,对相应PCR阳性产物进行测序发现,耐药基因型别主要以KPC-2型、NDM-1型、IMP-4型等为主。分析菌株耐药模式,几乎均为质粒介导的耐药基因模式,研究中携带KPC型质粒有30株菌,携带NDM型质粒有21株菌,携带IMP型质粒有10株菌。1株NDM型菌株质粒PCR扩增为阴性,推测可能为染色体介导的NDM型菌株。采用ERIC-PCR方法,分析菌株间同源性,结果显示:30株产KPC型碳青霉烯酶的菌株流行克隆群情况大致可分为八个类别,主要包括Ⅰ类13株,Ⅱ类7株,Ⅲ类4株,其中Ⅰ类与Ⅱ类克隆群主要分布于危重症监护室与老年医学科;22株产NDM型碳青霉烯酶的菌株流行克隆群情况大致也分为八个类别,主要包括Ⅰ类7株,Ⅱ类4株,Ⅲ类4株,各类别克隆群在临床科室中散发式分布。根据分类结果,选取部分菌株进行MLST分型,结果显示:产KPC型碳青霉烯酶菌株以ST11为主,产NDM型碳青霉烯酶菌株以ST45为主。结论:本研究CRKP主要来源于呼吸道分泌物、洁净中段尿及全血标本,临床科室分布主要以危重病监护室、儿科、新生儿科为主,且呈现出全院性的发生。CRKP的耐药性强,感染危险因素多,且病死率高,给患者预后带来严重影响。为此,临床在治疗CRKP感染过程中,需合理选用抗菌药物,注重药物联合应用。CRKP耐药基因型主要有KPC-2型、NDM-1型、IMP-4型,且相应耐药基因均由质粒携带,仅1株NDM型菌株考虑为染色体介导。采用ERIC-PCR方法,分析菌株间的同源性,KPC型与NDM型菌株流行克隆群情况大致均分为八个类别,且MLST分型中,KPC型以ST11为主,NDM型以ST45为主。由于质粒介导耐药基因极易发生水平传播,实验室与临床科室应注重对该类多重耐药菌主动筛查与管控,并规范用药,加强手卫生,坚持“预防为主、防治结合”方针,做到早发现、早管理、早干预,遏制其流行播散。
陈思思[6]（2020）在《单核细胞增生李斯特菌沿猪肉产业链传播规律的研究》文中研究指明单核细胞增生李斯特菌（Listeria monocytogenes,Lm）是一种人兽共患李斯特菌病的病原菌,能感染人类和40多种动物。李斯特菌病通常是由于摄入Lm污染的食物而引起的,潜伏期很长,平均2～3周,最长可超过70天,引起脑膜炎、败血症、流产或死胎等症状。该菌在环境中广泛分布,能通过污染农场环境和饲料,导致动物李斯特菌病,给畜牧业造成经济损失。携带Lm的动物经屠宰加工、运输和销售等环节最终感染人类。近年来,北美和欧洲有关动物食品污染引起的李斯特菌病暴发的报道屡见不鲜,国内由Lm引起的孕妇、新生儿和免疫缺陷患者的李斯特菌病也时有报道。该菌造成了全球经济和健康负担,对人类健康构成极大威胁。本研究调查了人李斯特菌病的流行病学现状,分析总结了李斯特菌病的临床特征和流行情况,为了解病原菌特征、传播途径、传染来源提供重要指导。此外,探究了生猪产业链中Lm的污染状况,通过基因组重测序从分子水平上分析Lm的分子特征和遗传进化关系,揭示了毒力分布及致病性,为有效控制Lm的污染和传播提供理论基础。1.2008-2017年中国人李斯特菌病报告病例分析使用计算机和手工检索2008-2017年中国人李斯特菌病的相关文献资料,对临床症状、基本资料及转归情况进行统计和分析。22个省共报告759例病例,其中包括非围产期病例245例（32%）,围产期病例514例（68%）。在临床病例中,败血症是最常见的症状（49%）,其次为中枢神经系统感染（25%）。总病死率为18%,其中新生儿患者的病死率高达73%。近年来,每年都有散发性李斯特菌病的报道,其中2014年达到一个患病高峰期,多集中在3月-5月。非围产期病例的平均年龄为36岁（范围为0-102岁）,其中男性占多数（52%）。我国人李斯特菌病时有发生,摄入动物制品而感染李斯特菌病的病例也有报道,由此提示要加强对动物源食品中的Lm的监测,以预防和控制食源性李斯特菌病的传播。2.屠宰、运输和销售环节中单核细胞增生李斯特菌的分离鉴定从屠宰、运输以及销售环节,总共采集905份样品,包括屠宰场的9个环节663份,运输环节63份和销售环节179份,共分离到96株Lm,总分离率为10.6%。在屠宰环节未分离到Lm,在冷藏环节分离到12株Lm,分离率为10.9%,运输环节分离到11株Lm,分离率为17.5%,销售环节分离到73株Lm,分离率为40.8%。对所有分离株进行血清分型,共分为两种血清型,分别为1/2a（63.5%）和1/2c（36.5%）,不同环节的优势血清型均为1/2a。屠宰,运输及销售环节中Lm的检测结果,提示Lm的污染逐级放大。对96株不同来源的Lm进行药敏实验,耐药率为90.6%。其中,临床一线药物氨辛西林（35株）及克林霉素（81株）耐药率较高,此外,57株对美罗培南耐药,18株对复方新诺明耐药,18株对四环素耐药。值得一提的是,19.5%的菌株为多重耐药。大量食源性耐药菌株的出现,提示相关部门应加强对Lm耐药性的监测,并规范动物用药。3.生猪产业链中单核细胞增生李斯特菌的分子分型研究所有Lm菌株共分为4种ST型,ST9（40株）、ST121（27株）、ST8（13株）和ST155（15株）。屠宰及销售环节中具有相同的ST型（ST155和ST9）,优势ST型都为ST9和ST121,这表明Lm可沿着生猪产业链传播并发生交叉污染。基于全基因组测序的分子分型方法核心基因多位点序列分型（cg-MLST）将菌株共分为4个亚群,基本与ST型一致。不同分支上均包括同一批次屠宰场和销售环节的菌株,这说明Lm在销售环节的污染来源于屠宰场的Lm,由此提示,相较于传统分型方法MLST,cg-MLST具有更高的分辨力。基于成簇的规律间隔的短回文重复序列（CRISPR）的分型结果表明,ST121和ST155菌株有完整的CRISPR-CAS系统,将菌株聚类成11个CRISPR型,2个进化分支,正好对应2种ST型。研究发现,不同环节的相同ST型菌株的间隔序列高度和数量相同,提示Lm在屠宰场、运输和超市之间进行传播,表明了 CRISPR分型具有较好的分型能力,同时也能反映出菌株间的微进化,在Lm的追溯中具有很好的应用前景。耐药基因检测结果表明,fos（X）基因广泛分布于所有分离株中,携带dfrG基因的菌株数最多,仅一株多重耐药菌株携带fos（X）、dfrG、tet（S）、erm（B）、lnu（B）、lsa（E）和cat耐药基因,而食品分离株中同时检测到多种耐药基因尚属罕见,提示要合理使用抗生素,降低耐药性菌株出现的风险。在基于基因组重测序的基础上,我们检测了 67株不同来源Lm的82个毒力基因携带特征。其中有28.4%的分离株携带完整的毒力岛LIPI-1,未检测到携带毒力岛LIPI-2、LIPI-3和LIPI-4的菌株。此外,28.4%的分离株中均携带7个内化素家族基因,71.6%的分离株缺失actA基因。所有分离菌株均属于谱系Ⅱ,由于我国大部分临病例是由谱系Ⅱ菌株引起的,由此提示,猪肉产业链中所存在的Lm污染具有潜在地引起散发性李斯特菌病的风险,应加强对生猪产业链中Lm的监管和控制。利用单核苷酸多态性（SNP）分型方法,将屠宰、运输、销售和临床Lm菌株分为四个进化分支,其中ST9所在的A分支菌株最多。不同批次的冷藏环节中的分离到菌株处于同一分支,SNP差距为3-6个,说明这些菌株具有较近的遗传进化关系;不同批次的运输环节中分离到的菌株也聚类在同一个分支,SNP差距较小;由此提示冷藏和运输环节中的猪胴体和环境、工具之间存在交叉污染。同一分支上的不同来源的菌株之间具有高度同源性,表明Lm沿着生猪产业链进行传播;而生猪产业链中分离到的菌株与人临床分离株聚类在同二分支,提示生猪产业链中的Lm分离株对消费者存在潜在的致病风险。综上所述,我们对跨度十年的中国大陆李斯特菌病流行规律进行了探究,国内李斯特菌病以散发为主,临床症状主要为败血症,多起病例与食用猪肉食品有关。为此,本文研究了生猪产业链中不同环节Lm的分子流行病学,发现Lm沿冷藏、冷链运输和销售环节污染逐级放大;菌株呈现广泛耐药和多重耐药现象,耐药谱呈现变宽的趋势;利用cg-MLST、CRISPR和SNP等多种分型方法,揭示不同来源分离株在遗传进化上较为密切,且不同环节都存在交叉污染,具有污染食品和致病的风险。本研究对Lm的监测、预警和风险评估提供了新的认识,对于防控李斯特菌病具有重要意义。
夏如玉[7]（2020）在《中药影响急性下呼吸道感染非必要抗生素使用的调查及循证评价研究》文中指出背景和目的抗生素耐药是一项重大的全球公共卫生威胁,可能会引起住院时间、死亡率和经济负担增加等潜在的严重后果。急性下呼吸道感染（除外肺炎）（Acute lower respiratory tract infections（excluding pneumonia）,ALRTIs（eP））85%-95%由病毒感染引起,绝大多数是自限性疾病,抗生素的使用不仅无法有效地缓解症状还可能会带来副作用。该病是抗生素滥用的高发人群。推广有效药物以及提高医患的认知是改善这一现状,减少非必要抗生素使用的重要方法。以ALRTIs（eP）的中西医治疗为着力点,本研究对医生和患者对抗生素和中药使用的认知、经验和态度进行调查和访谈研究,从发现有效药物以及提高医患的认知的角度,探索利用中药减少非必要抗生素使用的可能性;并系统总结现有相关临床研究和指南的证据,与前述调查和访谈研究的发现相互比较和补充,从多角度探索中药减少ALRTIs（eP）非必要抗生素使用的可行性,并提供证据。研究方法（研究一）通过网络问卷调查医生对2012年实施的《抗菌药物临床应用管理办法》（最严限令）的认知、态度和体验,包括（1）限令实施后,医生经历了什么;（2）医生对抗菌药限令的了解程度如何;（3）医生在临床实践过程中对限令的感受;（4）医生使用了哪些对策。调查采用滚雪球抽样法,通过微信和电子邮件招募医生。除描述性统计外,还比较了最严限令实施初期和实施5年后医生认知、态度、体验的差异,并比较了不同学历、资历、医院级别、区域以及中医与西医医生间的差异。（研究二）对北京和合肥四所医院呼吸科门诊和两所社区医院的医生进行一对一、半结构化访谈。访谈过程为20-30分钟,采用录音形式记录。访谈内容包括医生治疗ALRTIs（eP）的处方行为,对不同治疗措施的态度,对减少抗生素使用的观点等,以了解医生的处方过程,探索减少非必要抗生素使用的措施。访谈录音转录为文字通过主题分析法进行分析,分析通过NVIVO 11软件完成。（研究三）采用回顾性治疗结局研究设计,通过网络问卷收集最近3个月内经历过或正在经历急性咳嗽者的回顾性数据,问卷关键问题包括:（1）最后一次咳嗽时使用了什么治疗方法;（2）咳嗽进展如何;（3）各项治疗对咳嗽症状的疗效如何。采用滚雪球抽样法,通过微信招募参与者。分析急性咳嗽中抗生素、非抗生素类西药、中药、非药物疗法的使用率,各类疗法症状缓解效果Likert量表评分及后续使用抗生素情况。（研究四）系统评价检索了 PubMed、Cochrane图书馆、EMBASE、中国知网、重庆维普、SinoMed和万方数据库,检索更新至2020年2月,筛选符合纳入标准的随机对照试验。两位研究人员独立进行文献筛选、资料提取,使用Cochrane偏倚风险评估工具对纳入文献进行质量评价,采用Review Manager 5.3软件对数据进行合并,并采用GRADEpro GDT软件制作证据概要表。同时,我们还检索了该病相关的指南,用AGREE II工具进行评价,并对系统评价中纳入试验涉及的中成药与指南中推荐的中成药进行对比。结果研究一来自中国大陆29个省市自治区的807名医生完成了问卷,平均年龄39岁。90.8%医生报告自己所在医院限制抗菌药使用的行政管理要求比较严格或非常严格。医院组织了较多或非常多抗菌药限令相关培训（2012年59.1%,2016年68.5%,P<0.001）。65.1%医生宣称他们熟悉或非常熟悉2012年最严限令,但只有46.8%正确回答了三题抗菌药处方知识测试题,一级医院医生（P=0.013）、中医医生（P=0.001）的正确率相对其他医生更低。超过65%的医生有时担心或常常担心那些“有风险”患者的临床预后。2012年,有32%的医生选择继续处方原抗菌药（限令禁止使用的抗菌药）或建议患者院外自行服用原抗菌药,而这一比例在2016年下降到22.6%。处方其他药物来替代抗生素的医生选择的替代药物95%以上是中药。研究二共访谈26名临床医生,平均年龄41.9岁,平均门诊工作时长为11.8年。数据分析在6个领域中得到11个主题。医生一致认为对没有细菌感染指征（白细胞增高、中性粒细胞比例增高和/或黄痰、发热等）的ALRTIs（eP）患者,不会处方抗生素。使用最多的抗生素是二代和三代头孢菌素。无论是否处方抗生素,多数医生会处方对症治疗西药和（或）中药。几乎所有医生认为中药能改善该病的症状,缩短病程。有医生认为中药可以减少抗生素使用。医生报告的抗生素滥用原因包括患者的错误观念,该病诊断的不确定性,医生担忧患者预后及额外的医疗责任,抗生素管理不够严格等。研究三来自全国34个省市自治区及海外的25583名急性咳嗽者完成了问卷,年龄中位数25岁,65.8%伴有痰。分别有45.3%、39.4%、27.1%、20.9%急性咳嗽患者使用了抗生素、中药、非抗生素类西药、非药物疗法。使用最多的抗生素是头孢菌素类和青霉素类。各疗法症状缓解效果的Likert量表评分较接近。使用中药后续使用抗生素的人数比例（14.4%）低于非抗生素西药后续使用抗生素的人数比例（24.5%）。综合症状缓解效果和减少抗生素使用效果的总体效果排序结果显示,排在前五的中药为中药汤药、肺宁颗粒、小青龙（颗粒/合剂）、十五味龙胆花丸、川贝枇杷膏。研究四（1）随机对照试验系统评价:纳入33项试验（6103名受试者）。与安慰剂相比,中成药对咳嗽症状缓解效果更优（3个试验,949名患者,风险比（RR）2.50,95%CI（置信区间）1.16至5.43;低确定性证据）;治疗有效率更高（3个试验,948名患者,RR 1.70,95%CI 1.44至2.01;中等确定性证据）。23项试验比较了 40种中成药。没有试验报告抗生素使用情况相关结局。（2）临床实践指南评价:纳入8篇指南和专家共识,共推荐了 29种口服中成药。AGREE II评价结果显示纳入指南评分偏低。（3）对比:有4种中成药（冬菀止咳颗粒、通宣理肺口服液、感咳双清胶囊、蛇胆陈皮液）同时在随机对照试验和指南中出现。系统评价结果显示这4种中成药存在6项试验,但其中只有2项试验被指南作为证据引用。指南中93%（27/29）的中成药推荐没有基于试验证据。91%（41/45）存在证据（尽管质量不高）的中成药没有被指南提及。结论2012年最严限令促进了抗菌药物的临床合理使用,医生对限令的态度和行为有所改善,但对“有危险”患者预后的担忧仍然普遍存在,部分医生使用中药替代了抗生素以缓解担忧。医生们均认为不应该为非细菌感染ALRTIs（eP）患者处方抗生素,但处方抗生素与否的具体原则差异很大,抗生素处方的决策中仍存在患者的观念错误、诊断的不确定性、医生担忧患者预后及额外的医疗责任、缺乏适合临床实践的指南、医院缺乏严格管理的关键障碍。不管是否使用了抗生素,大多数医生都通过开具对症治疗西药或中药来缓解症状;医生认为中药能改善该病的症状、缩短病程,可能可以减少该病抗生素使用。患者调查显示45.3%的急性咳嗽患者还是使用了抗生素,39.4%使用了中药。患者认为不同疗法的症状缓解效果较为接近;但使用了中药的患者,后续需要加用抗生素的人数比例更低。上述调查和访谈研究发现了利用中药替代或补充抗生素在ALRTIs（eP）的治疗中使用的医患认知基础和实践选择,但与此形成鲜明对比的是,基于随机对照试验的系统评价却发现中药治疗该病的原始研究不足且证据薄弱;同样,我们也发现指南中推荐的中成药种类和有随机对照试验证据的中成药种类,存在很大的不一致。这提示虽然利用中药来减少ALRTIs（eP）治疗中抗生素的使用具有较好的医患认知基础和比较广泛的有效体验,但临床实践却并非基于指南或临床研究证据;当前中药,特别是中成药大品种,临床研究匮乏,且证据薄弱,临床实践指南的推荐也并非基于研究证据。因此,卫生管理部门一方面需要通过培训、宣传和政策管理等方面继续加强医患对于限令的认知和遵守程度;一方面需要加强中药,特别是中药大品种的临床研究,产生更好证据,支持临床实践,并提高临床实践指南的方法学质量和实用性。
王素侠[8]（2020）在《南京市某区细菌性腹泻现况调查及其影响因素研究》文中提出研究目的1.主要了解南京市某区细菌性腹泻的流行病学特征、潜在的危险因素以及病原菌分布特征,从而为该地区的细菌性腹泻防控提供参考依据。2.主要了解南京市某区细菌性食源性疾病暴发事件的流行病学特征、潜在的危险因素以及病原菌分布特征,从而为该地区的细菌性食源性疾病暴发事件的防控提供参考依据。研究方法1.主要采用疾病监测和现场调查方法。以2016年11月-2019年9月本辖区内哨点医院腹泻门诊、急诊发生急性感染性腹泻的病例为研究对象,进行流行病学调查和实验室检测,采用K-B（纸片扩散）法对检出病原菌进行12种常见抗生素药敏分析。对2018-2019年南京市某区食源性疾病暴发事件开展现场流行病学调查、实验室检测,分析暴发事件的发病情况及其影响因素,进行食源性疾病事件多因素分析时,设同次事件中未发病人群作为健康对照。2.利用SPSS 22.0软件建立数据库并进行统计分析。计量资料采用均值和标准差描述,计数资料采用频数和百分比描述。组间比较采用t检验、方差分析或卡方检验,否则采用非参数检验。对病例进行年龄、性别、临床症状、发病时间、就餐场所等变量的单因素分析;单因素有统计学意义的变量纳入多因素分析,以是否检出病菌为因变量进行非条件logistic回归分析。P<0.05有统计学意义。研究结果1.共纳入705例患者,男女性别比为1.27:1,平均年龄42.39±18.65岁。采集样本705份,患者检出阳性147人（20.85%）,分离菌株154株（21.84%）。分离到的154株病原菌中,居前三位的病原菌分别是副溶血性弧菌（38.96%）、沙门氏菌（26.62%）、致泻性大肠埃希菌（11.69%）。其中,副溶血性弧菌和沙门氏菌分布多个血清群,副溶血性弧菌以O:3群最多（25%）;沙门氏菌以D群韦太夫雷登最多检出10株（24.39%）。病原菌的检出以夏季最多68株（44.16%）。分离到的6种主要肠道致病菌（副溶血性弧菌、沙门氏菌、致泻性大肠埃希菌、气单胞菌、邻单胞菌、变形杆菌）对美罗培南敏感,对氨苄西林（分别为87.09%,60.90%,88.88%,85.71%,40.00%,76.90%）和复方新诺明（分别为83.33%,24.39%,83.33%,50.00%,20.00%,15.38%）的耐药率较高,副溶血性弧菌和致泻性大肠埃希菌对氨苄西林的耐药性高达87.09%和88.88%,对复方新诺明的耐药性均高达88.88%。气单胞菌对各种抗生素的耐药性明显高于邻单胞菌。细菌性腹泻的单因素分析发现就餐场所、可疑食物、有疾病史是危险因素（P<0.05）。多因素分析发现外出就餐、动物源性食物、有疾病史的人更容易再次出现感染性腹泻。2.共收集某区暴发27起食源性疾病事件。共发病178人,无死亡病例。检出细菌的事件为23起,事件细菌检出率为85.18%（23/27）。2018年和2019年的发病罹患率分别为6.14%（94/1530）和5.99%（84/1402）。食源性疾病暴发事件主要集中在8月份（13起）。发病人群主要集中在16～30岁组和31～45岁组（均占比28.65%）。食源性疾病暴发的餐次主要集中在晚餐,晚餐事件数占比77.78%。发生场所主要在餐饮饭店、工地食堂,分别发生12起和10起,发病人数分别为70人和56人,各占39.33%和31.46%。危险食品以高发季节的动物源的海产品、肉类、蛋与蛋制品为主,发病人数114人,占64.04%。食源性疾病暴发事件的单因素分析,发现年龄、月份、就餐场所、可疑食物、动物源食物、餐次是危险因素（P<0.05）;多因素分析发现暴发事件的主要影响因素为儿童和老人、外出就餐和晚餐（P<0.05）。暴发事件检出的主要病原菌为副溶血性弧菌（45.16%）、沙门氏菌（32.26%）和致泻性大肠埃希菌（14.52%）。以是否检测出细菌为因变量（未检出病例为对照）,单因素和多因素分析发现动物源性食物和职业员工是影响因素（P<0.05）,以是否检测出细菌为因变量（健康对照）,单因素和多因素分析发现儿童和老人、外出就餐为影响因素因素（P<0.05）。研究结论无论是常规监测还是暴发事件的细菌腹泻,主要以副溶血性弧菌、沙门氏菌和致泻性大肠埃希菌为主,呈现出明显的季节性和耐药性。餐饮饭店、动物源性食物、特定职业是细菌性腹泻的主要危险因素。因此,应针对食源性疾病暴发事件的流行病学特征分布,采取相应的措施加以预防控制。
林才云,江艳华,姚琳,李风铃,曲梦,王联珠,许加超[9]（2020）在《信号分子AI-2的体外合成及其对副溶血性弧菌四环素耐药性的调控作用》文中提出【背景】抗菌药的过度使用引起细菌耐药性日益严重,作为重要的食源性致病菌,副溶血性弧菌也表现出一定程度的耐药性。群体感应系统可以调控细菌的耐药性,为研究副溶血性弧菌的耐药机制和控制技术提供新的途径。【目的】探讨群体感应信号分子AI-2 （autoinducer-2）对海产品中分离的副溶血性弧菌四环素耐药性的调控作用。【方法】通过原核表达制备AI-2合成关键酶——S-核糖同型半胱氨酸酶（S-ribosylhomocysteinase, LuxS）和S-腺苷同型半胱氨酸核苷酶（S-adenosylhomocysteinenucleosidase,Pfs）,体外合成AI-2,通过菌落计数法分析AI-2对副溶血性弧菌在四环素亚抑菌浓度下耐受性的影响,采用逆转录实时荧光定量PCR法测定不同浓度AI-2对副溶血性弧菌四环素耐药基因转录水平的影响。【结果】通过原核表达获得LuxS和Pfs,作用于底物S-腺苷同型半胱氨酸能合成具有生物活性的AI-2,其荧光强度约为阳性对照的6倍。在四环素亚抑菌浓度下,AI-2能显着促进副溶血性弧菌的生长,6、15、30μmol/L浓度AI-2能不同程度地提高副溶血性弧菌四环素耐药基因的转录水平。【结论】AI-2能增强副溶血性弧菌对四环素的耐受作用,为解析副溶血性弧菌的耐药机制、研制以AI-2为靶点的副溶血性弧菌耐药性控制技术提供基础。
张珍珍[10]（2020）在《医院血培养病原菌耐药监测及革兰阳性球菌血流感染临床特征》文中指出第一部分医院血培养病原菌分布及耐药性分析目的:分析某院血培养主要病原菌的分布及耐药情况,为血流感染（bloodstream infection,BSI）的经验性用药提供参考。方法:回顾性分析某院2013年1月-2018年12月1798株血培养阳性标本的病原菌分布及其药敏结果,应用SPSS 21.0软件对数据进行统计分析。结果:1. 病原菌检出情况1798株血培养阳性标本中,革兰阴性（Gram-negative,G-）菌1243株,占69.1%;革兰阳性（Gram-positive,G+）菌474株,占26.4%;真菌81株,占4.5%。与2013-2015年相比,2016-2018年G-菌检出率显着降低,而G+菌检出率显着增加（P<0.05）。前5位检出菌依次为大肠埃希菌（530株,29.5%）、肺炎克雷伯菌（299株,16.6%）、金黄色葡萄球菌（113株,6.3%）、肠球菌属（110株,6.1%）和鲍曼不动杆菌（102株,5.7%）。与2013-2015年相比,2016-2018年肺炎克雷伯菌检出率显着升高（P<0.05）,其他病原菌无显着性变化。2.主要G-菌敏感性变迁大肠埃希菌对常用抗菌药物（除头孢唑啉、庆大霉素外）的敏感率相对稳定。肺炎克雷伯菌对常用抗菌药物（除氨苄西林/舒巴坦、头孢呋辛外）的敏感率均显着下降（P<0.05）。鲍曼不动杆菌对常用抗菌药物的敏感率下降,其中对左氧氟沙星、环丙沙星、庆大霉素和妥布霉素的敏感率显着下降（P<0.05）。铜绿假单胞菌对常用抗菌药物（除头孢他啶外）的敏感率下降,但无统计学意义。肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌对碳青霉烯类药物的敏感率分别从94.0%、41.2%和81.5%下降至68.8%、23.5%和64.3%。3.主要G+菌敏感性变迁金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、屎肠球菌和粪肠球菌对多数常用抗菌药物的敏感率均无显着性改变。耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌的检出率分别从2013-2015年的18.9%和75.0%上升至2016-2018年的28.9%和88.0%,但无统计学意义。葡萄球菌对万古霉素、利奈唑胺和替加环素的敏感率为100.0%。结论:1. 血培养分离菌以G-菌为主,但G+菌检出率呈上升趋势。主要检出菌为大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和金黄色葡萄球菌。6年来,肺炎克雷伯菌分离率显着升高。2.与2013-2015年相比,2016-2018年大肠埃希菌和铜绿假单胞菌对常用抗菌药物的敏感率无显着性变化,而肺炎克雷伯菌和鲍曼不动杆菌对大多数抗菌药物的敏感率显着下降。耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌的检出率增加。3.与2013-2015年相比,2016-2018年葡萄球菌和肠球菌对多数常用抗菌药物的敏感率无显着性改变。耐甲氧西林葡萄球菌检出率增加,未检出对万古霉素、利奈唑胺和替加环素耐药的葡萄球菌。第二部分革兰阳性球菌血流感染临床特征目的:分析临床选择特殊使用级抗菌药物治疗方案的影响因素并评价其使用的合理性,为加强特殊使用级抗菌药物的管理提供依据。方法:1.回顾性调查本院2018年1月-12月诊断为G+球菌BSI的病历资料,分析患者临床及微生物学数据。并将全部病历按是否选择特殊使用级抗菌药物治疗,分为采用特殊使用级抗菌药物治疗组（组1）和采用非特殊使用级抗菌药物治疗组（组2）。应用单因素和多因素logistic回归分析临床医师选择特殊使用级抗菌药物治疗G+球菌血流感染的影响因素。2. 依据《抗菌药物临床应用指导原则》、药品说明书及相关文献,制定《血流感染利奈唑胺/去甲万古霉素用药合理性评价标准》,从药物选择、用法用量、用药疗程、抗菌药物联合用药和药物相互作用5方面评价。结果:1.病原菌及科室分布情况研究共纳入G+球菌BSI病历114例,培养出120株G+球菌。108例为单一G+球菌感染,6例为合并其他G+球菌感染。此外,有11例为同时合并G-杆菌感染,5例为同时合并真菌感染。检出率最高的病原菌为金黄色葡萄球菌35株（29.2%）,其次为链球菌属33株（27.5%）和凝固酶阴性葡萄球菌22株（18.3%）。共检出多重耐药菌27株,包括MRSA 7株、MRCNS 19株和VRE 1株。G+球菌BSI主要来源科室为外科ICU 22例（19.3%）、肾脏内科19例（16.7%）和内科ICU 10例（8.8%）。2. 采用特殊使用级抗菌药物治疗的影响因素分析经单因素和多因素logistic回归分析表明,性别、年龄、合并基础疾病及存在混合感染与采用特殊使用级抗菌药物治疗无关（P>0.05）。多重耐药菌感染、多部位感染及合并3种以上基础疾病为采用特殊使用级抗菌药物治疗的独立影响因素（P<0.05）。3. G+球菌BSI特殊使用级抗菌药物合理用药分析114例患者中,有50例采用了特殊使用级抗菌药物,包括去甲万古霉素40例,利奈唑胺10例。从药物选择、用法用量、用药疗程、抗菌药物联合应用和药物相互作用5个方面,共发现不合理用药59例次,发生频次最高的为疗程不当18例次（30.5%）,其次为用法用量不当17例次（28.8%）、存在药物相互作用13例次（22.0%）和药物选择不当10例次（16.9%）,抗菌药物联合用药不合理仅1例次（1.7%）。结论:1.2018年本院G+球菌BSI以金黄色葡萄球菌、链球菌属和凝固酶阴性葡萄球菌为主要病原菌。分布的主要科室为ICU和肾脏内科。2.患者感染多重耐药菌、多部位感染及合并3种以上基础疾病是临床医师采用特殊使用级抗菌药物治疗的独立影响因素。3. G+球菌BSI中特殊使用级抗菌药物不合理用药问题较突出,主要表现为疗程过短和用法用量不适宜。
二、中国大陆细菌耐药性监测研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、中国大陆细菌耐药性监测研究（论文提纲范文）
（1）我国食品沙门氏菌污染率与引起的发病率统计分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 食源性疾病及致病菌概述 |
| 1.1.1 食源性疾病及致病菌的危害 |
| 1.1.2 沙门氏菌概况 |
| 1.1.3 沙门氏菌致病性及危害 |
| 1.2 沙门氏菌污染食物情况概述 |
| 1.2.1 沙门氏菌特定地区污染率 |
| 1.2.2 沙门氏菌特定食品污染率 |
| 1.3 沙门氏菌食物中毒情况概述 |
| 1.3.1 沙门氏菌食物中毒事件情况 |
| 1.3.2 沙门氏菌食物中毒数据监控 |
| 1.3.3 沙门氏菌食物中毒治疗及其耐药性 |
| 1.4 食源性疾病统计学分析方法 |
| 1.4.1 病原体污染率或发病率估计方法 |
| 1.4.2 病原体污染率与发病率相关性判断方法 |
| 1.4.3 病原体未来发病趋势的预测方法 |
| 1.5 本文的选题依据和主要内容 |
| 1.5.1 本文的研究目及意义 |
| 1.5.2 本文研究内容 |
| 2 沙门氏菌食品污染率统计分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 层次贝叶斯理论与计算方法 |
| 2.2.2 Logit函数 |
| 2.2.3 Win BUGS软件 |
| 2.2.4 文献检索与选择标准 |
| 2.2.5 沙门氏菌食品污染率模型建立 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 沙门氏菌食品污染率统计结果 |
| 2.3.2 模型建立及敛散性分析 |
| 2.3.3 沙门氏菌食品污染率统计结果 |
| 2.3.4 模型可靠性验证 |
| 2.3.5 统计结果分析与讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 我国食品沙门氏菌污染引起的发病分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 沙门氏菌发病率计算方法 |
| 3.2.2 数据来源 |
| 3.2.3 文献检索与筛选标准 |
| 3.2.4 灰色预测理论 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 食物中毒检索结果 |
| 3.3.2 沙门氏菌发病率各指标计算结果 |
| 3.3.3 中国大陆食品沙门氏菌污染的发病率估算结果 |
| 3.3.4 灰色预测模型构建及预测结果 |
| 3.3.5 统计结果分析与讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 我国食品沙门氏菌污染率和导致发病率的关系 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 相关系数 |
| 4.2.2 回归分析 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 省份维度的食品沙门氏菌污染率与发病率关系 |
| 4.3.2 年份维度的食品沙门氏菌污染率与发病率关系 |
| 4.3.3 统计结果分析与讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 |
| 致谢 |
（2）黄金海岸沙门菌基因组流行病学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1 食源性疾病 |
| 2 沙门菌 |
| 3 黄金海岸沙门菌 |
| 4 沙门菌生物学特性 |
| 4.1 群集运动 |
| 4.2 生物被膜 |
| 4.3 抗生素耐药性 |
| 5 测序技术与应用 |
| 5.1 测序技术的发展 |
| 5.2 全基因组关联研究方法及应用 |
| 6 研究目的 |
| 第2章 黄金海岸沙门菌流行病学及耐药性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株来源 |
| 1.2 流行病学调查 |
| 1.3 抗生素耐药性检测 |
| 2 结果与讨论 |
| 2.1 全球SG菌株数据来源与分布 |
| 2.2 中国SG菌株流行病学分析 |
| 2.3 中国大陆SG菌株抗生素耐药性 |
| 3 本章小结 |
| 第3章 黄金海岸沙门菌基因组学及耐药性形成规律探究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 基因组提取 |
| 1.2 基因组质控与纯化 |
| 1.3 建库与测序 |
| 1.4 全基因组数据处理与分析 |
| 1.5 比较基因组学分析 |
| 1.6 接合转移试验 |
| 2 结果与讨论 |
| 2.1 遗传特性 |
| 2.2 序列分型 |
| 2.3 耐药基因 |
| 2.4 毒力基因 |
| 2.5 质粒携带类型 |
| 2.6 时空进化关系与差异性分析 |
| 2.7 比较基因组学分析 |
| 2.8 耐药性形成规律 |
| 3 本章小结 |
| 第4章 黄金海岸沙门菌生物学功能探究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株复苏与纯化 |
| 1.2 生物被膜形成试验 |
| 1.3 运动迁移能力测试 |
| 1.4 生长曲线测定 |
| 1.5 斑马鱼致死试验 |
| 2 结果与讨论 |
| 2.1 生物被膜形成能力 |
| 2.2 运动迁移能力 |
| 2.3 生长曲线 |
| 2.4 斑马鱼致死情况 |
| 3 本章小结 |
| 全文总结 |
| 创新点 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
| 附表 |
| 附表1.CLSSS菌株列表 |
| 附表2.Enterobase菌株列表 |
| 附表3.Gen Bank菌株列表 |
| 附表4.SRA菌株列表 |
| 附表5.人源SG菌株临床病例统计 |
| 附表6.SG菌株14种抗生素耐药谱 |
| 附表7.群体多样性菌株列表 |
| 附表8.序列类型及个数 |
| 附表9.耐药基因与耐药表型符合率 |
| 附表10.毒力因子分类表及毒力基因筛查情况 |
| 附表11.完成图染色体及质粒信息 |
| 附表12.比较基因组质粒列表 |
| 附表13.缩写与说明 |
（3）儿童下呼吸道感染细菌病原学及临床特点分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 细菌耐药性变迁及耐药机制研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（4）纽波特沙门菌基因组流行病学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 沙门菌基本情况 |
| 1.1 沙门菌属 |
| 1.2 沙门菌病 |
| 1.3 沙门菌血清型 |
| 1.4 沙门菌生物型 |
| 1.5 沙门菌分子分型 |
| 1.6 形态结构及培养条件 |
| 1.7 沙门菌的分类及遗传进化关系 |
| 1.8 基因组结构及功能 |
| 1.9 沙门菌的突变 |
| 2 宿主适应性及毒力分子基础 |
| 2.1 宿主适应性 |
| 2.2 毒力因子 |
| 3 耐药性 |
| 3.1 耐药性概述 |
| 3.2 中美耐药性系统监测现状 |
| 3.3 沙门菌耐药性流行病学概况 |
| 4 纽波特沙门菌流行病学及进化研究进展 |
| 4.1 国外纽波特沙门菌流行现状 |
| 4.2 中国纽波特沙门菌流行现状 |
| 4.3 进化研究进展 |
| 5 全基因组测序技术 |
| 5.1 第二代测序技术 |
| 5.2 第三代测序技术 |
| 5.3 全基因组测序(WGS)技术在食源性病原研究领域的应用 |
| 第二部分 试验研究 |
| 第二章 1996～2015年美国来源纽波特沙门菌耐药分群研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及培养条件 |
| 1.2 运行硬件及操作系统 |
| 1.3 主要环境、软件及软件包 |
| 1.4 统计分析 |
| 1.5 最佳分类器预测分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 人类和动物相关的集群 |
| 2.2 抗生素MIC可区分动物相关亚群 |
| 2.3 与牛和火鸡相关的抗生素耐药性谱 |
| 3 讨论 |
| 第三章 纽波特沙门菌基因型解析菌群分化 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及相关数据 |
| 1.2 菌株培养条件及耐药分类 |
| 1.3 主要试剂及仪器 |
| 1.4 MLST分析 |
| 1.5 MIC试验 |
| 2 结果及讨论 |
| 2.1 种群结构基本情况 |
| 2.2 纽波特沙门菌的地理多样性 |
| 2.3 纽波特沙门菌:一个多疫源的食源性病原 |
| 第四章 1991～2018年中国人源纽波特沙门菌基因组流行病学研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及元数据情况 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 二代测序全基因组样品的制备 |
| 1.4 全基因组重测序(illumina平台) |
| 1.5 全基因组重测序(BGISEQ平台) |
| 1.6 基因组数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 年龄组分析 |
| 2.2 持续性腹泻与多重耐药遗传决定因子携带菌密切相关 |
| 3 讨论 |
| 第五章 全球基因组解析菌株遗传演化、耐药机制及宿主偏好性 |
| 第一节 纽波特沙门菌基因组种群结构解析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及数据来源 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.3 主要环境、软件及软件包 |
| 1.4 数据拼接、质量控制及血清型预测 |
| 1.5 CoreSNP进化树构建 |
| 1.6 基因组扫描 |
| 1.7 进化树图谱绘制 |
| 2 结果 |
| 2.1 数据的基本情况 |
| 2.2 纽波特沙门菌Core SNPs进化树的特征 |
| 2.3 网状进化与纽波特沙门菌群体基因组 |
| 2.4 耐药基因与各宿主/来源的相关性 |
| 第二节 基于Core SNPs的纽波特沙门菌时空进化分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及数据来源 |
| 1.2 运行硬件及操作系统 |
| 1.3 主要环境、软件及软件包 |
| 1.4 时空分析 |
| 1.5 时空分析图谱的绘制 |
| 2 结果 |
| 2.1 纽波特沙门菌C-Ⅰ分支时空分析结果 |
| 2.2 纽波特沙门菌C-Ⅱ分支时空分析结果 |
| 2.3 纽波特沙门菌C-Ⅲ分支时空分析结果 |
| 2.4 多重耐药IncA/C2质粒与动物源ST45流行菌株相关性 |
| 2.5 以C-Ⅱ为代表的纽波特沙门菌具有较快的进化速度 |
| 第三节 代表菌株的表型试验 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验菌株 |
| 1.2 试剂及饲养条件 |
| 1.3 小鼠攻毒试验 |
| 1.4 斑马鱼攻毒实验 |
| 1.5 线虫杀伤实验 |
| 1.6 生物被膜实验 |
| 1.7 群集运动试验 |
| 2 结果 |
| 2.1 小鼠攻毒试验 |
| 2.2 菌株对斑马鱼及秀丽隐杆线虫的毒力和菌株来源/生境有关系 |
| 2.3 生物被膜 |
| 2.4 群集运动 |
| 2.5 群集运动与生物被膜的关系为负相关 |
| 第四节 泛基因组解析纽波特沙门菌宿主偏好性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及数据来源 |
| 1.2 主要环境、软件及软件包 |
| 1.3 泛基因组分析 |
| 1.4 毒力基因分析 |
| 1.5 毒力岛及可移动元件分析 |
| 1.6 重组分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 泛基因组热图 |
| 2.2 泛基因组与宿主特异性基因型:特定lineage的特异性基因分析 |
| 2.3 泛基因组中检测毒力岛、可移动元件及毒力基因结果 |
| 2.4 重组现象及与宿主适应过程的关联 |
| 第五节 讨论 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简介 |
| 攻读博士期间科研成果 |
| 附表 |
| 附图 |
（5）临床碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的传播机制及分子流行研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一部分 碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的临床特征研究 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 材料 |
| 1.2.1 试剂 |
| 1.2.1.1 培养基 |
| 1.2.1.2 鉴定及药敏 |
| 1.2.1.3 药敏纸片 |
| 1.2.1.4 其他试剂耗材 |
| 1.2.2 仪器 |
| 1.2.3 质控菌株 |
| 1.3 细菌鉴定及药敏试验 |
| 1.3.1 细菌鉴定 |
| 1.3.2 药敏试验 |
| 1.4 判定标准 |
| 1.5 数据统计分析 |
| 1.6 结果 |
| 1.6.1 CRKP的标本来源 |
| 1.6.2 CRKP的科室分布 |
| 1.6.3 CRKP的耐药性情况 |
| 1.7 讨论 |
| 1.8 结论 |
| 第二部分 碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌感染的危险因素研究 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 统计学分析 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 患者基本特征 |
| 2.4.2 CRKP感染单因素分析 |
| 2.4.3 CRKP感染多因素分析 |
| 2.4.4 临床预后分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 结论 |
| 第三部分 碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌中碳青霉烯酶基因型分布情况研究 |
| 3.1 研究对象 |
| 3.2 材料 |
| 3.2.1 试剂 |
| 3.2.2 仪器 |
| 3.3 碳青霉烯酶表型检测 |
| 3.3.1 改良碳青霉烯灭活试验(m CIM) |
| 3.3.2 乙二胺四乙酸(EDTA)协同试验 |
| 3.4 CRKP耐药基因检测 |
| 3.4.1 细菌基因组DNA提取 |
| 3.4.2 引物 |
| 3.4.3 扩增反应体系 |
| 3.4.4 扩增反应条件 |
| 3.4.5 琼脂糖凝胶电泳 |
| 3.4.6 扩增产物测序 |
| 3.5 质粒PCR扩增 |
| 3.5.1 质粒DNA提取 |
| 3.5.2 反应体系 |
| 3.5.3 反应条件 |
| 3.6 结果 |
| 3.6.1 耐药基因检测 |
| 3.6.2 质粒携带耐药基因情况检测 |
| 3.7 讨论 |
| 3.8 结论 |
| 第四部分 碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的分子流行研究 |
| 4.1 研究对象 |
| 4.2 材料 |
| 4.2.1 试剂 |
| 4.2.2 仪器 |
| 4.3 CRKP菌株同源性检测 |
| 4.3.1 反应模板 |
| 4.3.2 引物 |
| 4.3.3 ERIC-PCR反应体系 |
| 4.3.4 ERIC-PCR反应条件 |
| 4.3.5 琼脂糖凝胶电泳 |
| 4.3.6 数据统计分析 |
| 4.4 CRKP菌株分子流行情况检测 |
| 4.4.1 引物 |
| 4.4.2 反应模板 |
| 4.4.3 管家基因PCR反应体系 |
| 4.4.4 管家基因PCR反应条件 |
| 4.4.5 菌株MLST分型 |
| 4.5 结果 |
| 4.5.1 CRKP菌株ERIC-PCR检测情况 |
| 4.5.2 CRKP菌株MLST分型情况 |
| 4.6 讨论 |
| 4.7 结论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1:英文缩略词表 |
| 附录2:综述 碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌传播机制及分子流行情况的研究进展 |
| 参考文献 |
| 在校期间发表论文情况 |
| 致谢 |
| 统计学审核证明 |
（6）单核细胞增生李斯特菌沿猪肉产业链传播规律的研究（论文提纲范文）
| 摘要 Abstract 符号说明 文献综述 生猪产业链中李斯特菌流行和测序研究进展 |
| 1 前言 |
| 2 Lm的生物学特性 |
| 3 猪李斯特菌病流行现状 |
| 4 Lm在生猪产业链中流行病学 |
| 4.1 Lm在生猪屠宰链中的流行情况 |
| 4.2 销售环节的Lm传播特点 |
| 4.3 人李斯特菌病流行病学调查 |
| 5 细菌基因组学 |
| 5.1 测序技术的研究进展 |
| 5.2 Lm基因组学的发展 |
| 6 未来的发展 |
| 参考文献 第一章 2008-2017年中国人李斯特菌病报告病例分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 基本情况 |
| 2.2 李斯特菌病临床症状 |
| 2.3 转归情况 |
| 2.4 病例地区分布 |
| 2.5 病例年份与季节分布 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 第二章 屠宰、运输和销售环节中单核细胞增生李斯特菌的分离鉴定 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 屠宰、运输及对应销售环节中Lm的分离情况 |
| 2.2 Lm的血清型分布 |
| 2.3 不同来源Lm的耐药性分析 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 第三章 生猪产业链中单核细胞增生李斯特菌的分子分型研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 基于MLST分型的最小生成树 |
| 2.2 CRISPR分型结果 |
| 2.3 Lm分离株毒力基因和耐药基因的检测 |
| 2.4 cg-MLST分型 |
| 2.5 SNP分型结果 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 全文小结 攻读学位期间发表的学术论文目录 致谢 |
（7）中药影响急性下呼吸道感染非必要抗生素使用的调查及循证评价研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一部分 文献综述 |
| 1 我国临床抗生素使用情况及相关管理政策 |
| 2 急性下呼吸道感染(除外肺炎)的西医诊疗及抗生素是否应该使用的相关研究 |
| 3 中医对急性下呼吸道感染(除外肺炎)的认识及相关研究 |
| 4 中药影响急性下呼吸道感染非必要抗生素使用的调查及循证评价研究方法 |
| 4.1 横断面调查 |
| 4.2 定性访谈研究 |
| 4.3 系统评价与meta分析 |
| 参考文献 |
| 前言 |
| 第二部分 临床医生对最严抗菌药限令的认知、态度和实践的网络问卷调查 |
| 1 背景 |
| 2 方法 |
| 2.1 调查对象招募 |
| 2.2 数据收集 |
| 2.3 问卷设计 |
| 2.4 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 调查过程 |
| 3.2 基本信息 |
| 3.3 抗菌药限令实施的体验 |
| 3.4 对抗菌药限令以及抗菌药处方知识的了解 |
| 3.5 对执行抗菌药限令的态度 |
| 3.6 医生执行抗菌药限令情况 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 调查结果总结 |
| 4.2 与其他研究的比较 |
| 4.3 对医生和决策者的建议 |
| 4.4 未来研究 |
| 4.5 结论 |
| 5 创新点及不足 |
| 参考文献 |
| 第三部分 临床医生对急性下呼吸道感染(除外肺炎)中抗生素及中药使用的认知、态度和处方行为的定性研究 |
| 1 背景 |
| 2 方法 |
| 2.1 访谈形式 |
| 2.2 访谈者和受访者 |
| 2.3 访谈提纲 |
| 2.4 资料分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 对抗生素使用的观点 |
| 3.2 处方行为 |
| 3.3 抗生素及中药滥用情况 |
| 3.4 处方过程中的障碍 |
| 3.5 减少药物滥用的建议 |
| 3.6 对中药使用的观点和经验 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 访谈结果总结 |
| 4.2 与其他研究的比较 |
| 4.3 对未来研究和临床实践的建议 |
| 4.4 结论 |
| 5 创新点及不足 |
| 参考文献 |
| 第四部分 咳嗽用药及回顾性评价疗效的患者调查研究 |
| 1 背景 |
| 2 方法 |
| 2.1 调查设计 |
| 2.2 调查对象招募 |
| 2.3 资料收集和管理 |
| 2.4 问卷设计 |
| 2.5 数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 调查过程 |
| 3.2 人口社会学特征 |
| 3.3 咳嗽特征和患者伴随症状及疾病情况 |
| 3.4 使用的治疗方法 |
| 3.5 不同治疗方法对咳嗽症状的缓解 |
| 3.6 咳嗽症状缓解效果的影响因素 |
| 3.7 不同治疗方法后续抗生素使用情况 |
| 3.8 后续是否使用抗生素的影响因素 |
| 3.9 不同中药疗效排序结果 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 调查结果总结 |
| 4.2 与其他研究的比较 |
| 4.3 对医生和决策者的建议 |
| 4.4 未来研究 |
| 4.5 结论 |
| 5 创新点及不足 |
| 参考文献 |
| 第五部分 中成药治疗急性下呼吸道感染(除外肺炎)的随机对照试验证据与指南推荐的对比研究 |
| 1 背景 |
| 2 随机对照试验系统评价的方案 |
| 2.1 文献纳入与排除标准 |
| 2.2 文献检索策略 |
| 2.3 资料筛选与纳入 |
| 2.4 资料提取和管理 |
| 2.5 纳入研究的方法学质量评价 |
| 2.6 效应测量指标和数据合并 |
| 2.7 亚组分析和敏感性分析 |
| 3 临床实践指南的评价方法 |
| 3.1 文献检索策略 |
| 3.2 资料筛选与提取 |
| 3.3 指南的质量评估 |
| 4 随机对照试验系统评价结果 |
| 4.1 文献检索及筛选结果 |
| 4.2 纳入研究特征 |
| 4.3 纳入研究质量 |
| 4.4 效应值估计 |
| 5 临床实践指南评价结果 |
| 5.1 文献检索及筛选结果 |
| 5.2 纳入指南特征 |
| 5.3 方法学质量 |
| 5.4 推荐中成药 |
| 6 随机对照试验证据基础与指南建议的比较结果 |
| 7 讨论与结论 |
| 7.1 结果总结 |
| 7.2 与其他研究的比较 |
| 7.3 对临床和未来研究的建议 |
| 7.4 结论 |
| 8 创新点及不足 |
| 参考文献 |
| 结语 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 在学期间主要研究成果 |
（8）南京市某区细菌性腹泻现况调查及其影响因素研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 南京市某区细菌性腹泻的现况调查 |
| 1.1 研究目的 |
| 1.2 研究对象 |
| 1.3 研究内容 |
| 1.4 研究方法 |
| 1.5 结果 |
| 1.6 讨论 |
| 1.7 结论 |
| 第二章 南京市某区2018-2019 年食源性疾病暴发事件流行病学分析 |
| 2.1 研究目的 |
| 2.2 研究对象 |
| 2.3 研究内容 |
| 2.4 研究方法 |
| 2.5 结果 |
| 2.6 讨论 |
| 2.7 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 细菌性腹泻的研究现状 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附表 |
| 附表1 感染性腹泻、食源性疾病个案调查登记表 |
| 附表2 食源性疾病事件调查病例临床信息一览表 |
| 附录 感染性腹泻重要细菌性病原菌的诊断要点 |
（9）信号分子AI-2的体外合成及其对副溶血性弧菌四环素耐药性的调控作用（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 菌株 |
| 1.1.2 主要试剂和仪器及培养基 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 蛋白LuxS、Pfs的重组表达及纯化 |
| 1.2.2 AI-2的体外合成 |
| 1.2.3 AI-2对副溶血性弧菌四环素耐药性的影响 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 蛋白LuxS和Pfs的重组表达和纯化 |
| 2.2 体外合成AI-2的活性和浓度 |
| 2.3 AI-2对副溶血性弧菌四环素耐药性的影响 |
| 2.3.1 四环素亚抑菌浓度下AI-2对副溶血性弧菌生长的影响 |
| 2.3.2 四环素亚抑菌浓度下AI-2对副溶血性弧菌耐药基因转录水平的影响 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（10）医院血培养病原菌耐药监测及革兰阳性球菌血流感染临床特征（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 引言 |
| 第一部分 医院血培养病原菌分布及耐药性分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二部分 革兰阳性球菌血流感染临床特征 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 综述 医院血流感染病原学及危险因素研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
四、中国大陆细菌耐药性监测研究（论文参考文献）
- [1]我国食品沙门氏菌污染率与引起的发病率统计分析[D]. 吴宪. 大连理工大学, 2021(01)
- [2]黄金海岸沙门菌基因组流行病学研究[D]. 杜佳欣. 浙江大学, 2021
- [3]儿童下呼吸道感染细菌病原学及临床特点分析[D]. 李迈. 河北医科大学, 2021(02)
- [4]纽波特沙门菌基因组流行病学研究[D]. 潘航. 浙江大学, 2020(01)
- [5]临床碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的传播机制及分子流行研究[D]. 赵越. 广州中医药大学, 2020(08)
- [6]单核细胞增生李斯特菌沿猪肉产业链传播规律的研究[D]. 陈思思. 扬州大学, 2020
- [7]中药影响急性下呼吸道感染非必要抗生素使用的调查及循证评价研究[D]. 夏如玉. 北京中医药大学, 2020(04)
- [8]南京市某区细菌性腹泻现况调查及其影响因素研究[D]. 王素侠. 东南大学, 2020(01)
- [9]信号分子AI-2的体外合成及其对副溶血性弧菌四环素耐药性的调控作用[J]. 林才云,江艳华,姚琳,李风铃,曲梦,王联珠,许加超. 微生物学通报, 2020(05)
- [10]医院血培养病原菌耐药监测及革兰阳性球菌血流感染临床特征[D]. 张珍珍. 河北医科大学, 2020(02)
标签：抗药性论文; 沙门氏菌论文; 食品污染论文; 抗菌药物使用强度论文; 临床医生论文;